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生まれながらにエリートの資質を持つアルファ（α）の「遠藤ナツヒコ」は、性別に関わらずアルファの子を産めるオメガ（Ω）ではなく、ベータ（β）と呼ばれるごく一般的な人種の「井上ミユキ」に恋をした。
しかし、ミユキの息子でオメガの「ナオ」はそんなふたりを歓迎する気分にはなれなかった。
息子を気遣うためにミユキが発した「どうせ長くは続かないから」という言葉にもやもやした感情を覚えたナオは、ナツヒコをつい挑発してしまい……？「俺の気持ちが冷めるって言ったんだよな」自分の気持ちをベータに刻みつけるため、本気モードのアルファが牙をむく！